Deze game brengt de toekomsten van Xenoblade Chronicles en Xenoblade Chronicles 2 samen en neemt spelers mee naar Aionios, de thuisbasis van twee vijandige naties.
Keves: een natie waar mechanische technologie is ontwikkeld. Hun legers zijn samengesteld uit eenheden die voornamelijk uit gevechtsvoertuigen bestaan. Ze gebruiken kleine, mobiele wapens die worden bestuurd door soldaten die erop rijden.
Agnus: een natie die beschikt over een hoop ether, een magische technologie. Hun troepen bestaan uit eenheden die gespecialiseerd zijn in het gebruik van ether en ze vechten met kleine, mobiele, autonome wapens die gebruikmaken van ethertechnologie.
Zes soldaten van deze naties maken deel uit van een groots verhaal met het leven als centraal thema.